陽離子聚丙烯酰胺在做香時存在一些缺點，主要包括以下方面：

成本較高：陽離子聚丙烯酰胺的價格相對較高，用于制香會增加生產成本。對于一些對成本較為敏感的香品生產企業這會影響其產品的市場競爭力。

影響香的品質：燃燒性能：陽離子聚丙烯酰胺會改變香的燃燒速度和燃燒效果。燃燒時產生較多煙霧，或者燃燒不完全，產生刺鼻氣味，影響香在使用過程中的體驗。

香的外形：在制香過程中，如果陽離子聚丙烯酰胺的添加量控制不好，導致香坯的柔韌性過強或過弱，影響香的成型和外觀質量。比如香體易變形、彎曲，或者表面不光滑、有裂紋等。

環保問題：陽離子聚丙烯酰胺本身是一種高分子聚合物，在自然環境中的降解速度較慢。如果大量使用，會對環境造成一定的壓力，不符合當下環保理念和相關政策要求。

儲存穩定性：陽離子聚丙烯酰胺受外界環境因素影響較大，如溫度、濕度等。在儲存過程中，如果條件不當，容易發生降解或變質，影響其使用效果，進而影響香的質量。這就對儲存條件提出了較高的要求，增加了儲存成本和管理難度。